In den Torffeldern um Padenghe sind Spuren vorgeschichtlicher Ansiedlungen (Pfeilspitzen) gefunden worden. Erst kürzlich gemachte Ausgrabungen belegen auch die Anwesenheit der Römer. In christlicher Epoche unterstand Padenghe der Pfarrei von Desenzano del Garda, und die erste kleine Kirche, welche dem Hl. Kassian geweiht war, wurde in der Nähe des Dorfes, direkt am Seeufer errichtet. Dieses erste Dorf verließen die Leute in Folge der Hunneneinwanderungen, welche die Bevölkerung auf die Hügel trieb, wo sie zwischen dem 9. und dem 10. Jh. die Schutzburg errichteten. 1154 wird Padenghe am Gardasee in einem Dokument erwähnt, in dem Friedrich Barbarossa nach dem Reichstag von Roncaglia dem Bischof Theobald von Verona die Rechte für einige Brescianer Gebiete überließ.
Im Mittelalter wurde die Burg von Padenghe zur Schutzburg der Gibellinen und zum Zankapfel zwischen Brescia und Verona. 1330 eroberten die Scaliger Padenghe, sie wurden jedoch bald darauf von Johann von Böhmen, dem Sohn von Heinrich VII. vertrieben. 1362 nahm der Scaliger Cansignorio die Burg erneut in seinen Besitz, doch musste er sie zwei Jahre später wieder abtreten. Ende des 14. Jh. baten die Dörfer des Küstenstreifens die Visconti um ein Autonomierecht, welches ihnen zugestanden wurde. Damit erhielt jedes Dorf seine eigenen Statuten.
1414 betraute Pandolfo Malatesta, der Anfang des Jahrhunderts Herr von Brescia war, Padenghe mit der Bewirtschaftung der Burg Drugolo (welche im heutigen Gebiet von Lonato liegt): diese hatte er der Familie Vimercati entzogen (und später wieder zurückgegeben), um diese für einen Aufstand zu bestrafen. Nach dem Friedensschluss von Lodi (1454) beherbergte die Republik Venedig in der Burg von Padenghe eine Garnison.
Der Mundartdichter Teofilo Folengo, der Anfang des 16. Jh. im Kloster von Maguzzano weilte, bezeichnete die Einwohner von Padenghe als stolze Leute, vor denen sich auch die Franzosen im Verlaufe ihrer Besetzung fürchten mussten: und nicht umsonst befahl der Statthalter Leonino Bibbia 1509 die Zerstörung der Burg, welche jedoch durch das Eingreifen des Kardinals D'Amboise verhindert wurde. 1513 plünderten und zerstörten die Soldaten des deutschen Kaisers auf ihrer Rückkehr aus Verona die Dörfer der Gardaseeküste. 1532 baten Padenghe und andere Dörfer des südlichen Sees, welche um Desenzano del Garda herum lagen, dessen Landbezirk (Quadra di Campagna) sie bildeten, um Unabhängigkeit von Salò, dem die gesamte Küste unterstand, erhielten sie jedoch nicht.
Ende des 16. Jh. wurde die Zone von gnadenlosen Banditen gepeinigt, unter denen auch Giacomazzo von Padenghe war, der eigentlich Giacomo Dainese hieß. Ebenfalls in Padenghe wurde der Maler Andrea Giovanni Bertanza geboren, der den Künstler Palma den Jüngeren und Veronese beeinflusste. Er arbeitete Ende des 16. Jh. im Valtenesital und am Küstenstreifen des Gardasees. Außerdem ist auch der Jesuite Giambattista Rodella (1724-94) erwähnenswert, ein Freund von Mazzucchelli, in dessen Haus er 22 Jahre lang lebte und ihm dabei half, das Wörterbuch der italienischen Schriftsteller zu verfassen, wobei er jedoch auch eigene Werke schrieb und Übersetzungen durchführte. Auch die Brüder Zuliani aus Padenghe am Gardasee erlangten großen Ruhm: zwischen dem 18. und 19. Jh. arbeiteten beide als Studienräte, der eine als Rechtsgelehrter, der andere als Arzt.
Während der italienischen Befreiungskriege nahmen die Freiwilligen Kämpfer von Tito Speri am 28. März 1848 in Padenghe den österreichischen General Schönhals gefangen, der aus Brescia geflüchtet war, wo der Aufstand begonnen hatte. Im Zeitraum von 1928 bis 1947 unterstanden auch Moniga del Garda und Soiano der Gemeinde Padenghe am Gardasee, danach aber wurden sie unabhängig.
Der Name Padenghe soll anscheinend auf den Eigennamen Padus zurückgehen; der Historiker Cocchetti nimmt an, dass der Name auf den ligurischen Begriff Podinco (ohne Boden) zurückzuführen ist. Nach dem Jahre 1000 war der Name Patengulis bereits gängig.