Die Entdeckung einiger Gräber mit Gegenständen aus Ton und Bronzemünzen aus dem 3. und 4. Jh. n. Chr. bezeugen den antiken Ursprung von Malcesine. Mit dem Untergang des Reiches erlitt auch die Ostseite des lago di garda den Wechsel der Invasionen. Im Jahre 568 kamen die Langobarden, die, wie man annimmt, auch die Erbauer der Burg waren, um die sich Malcesine am Gardasee entwickelt hat. Nach der Unterordnung unter die Herrschaft des Bischofs von Verona, wurde Malcesine 1154 unabhängige Gemeinde mit den Rechten, eigene Maßnahmen zu ergreifen und eigene Münzen zu prägen. Anschließend ging Malcesine zu den Scaligern und der Republik von Venedig über und wurde somit Sitz des Capitano del Lago. Malcesine kam daraufhin zum Reich Lombardei-Veneto. 1866, am Ende des 3. Unabhängigkeitskrieges, wurde Malcesine dem Königreich Italien angeschlossen. Schon vor dem Ersten Weltkrieg kannte Malcesine den Tourismus, aber erst mit dem Bau der östlichen Gardesana und anschließend der Seepromenade bestätigte er sich, so dass er am Ende der fünfziger Jahre zur wirtschaftlichen Haupteinnahmequelle wurde.
13. September 1786: Von Torbole sul Garda aus erreichte Johann Wolfgang Goethe im Boot Malcesine. In seiner "Italienreise" schrieb er dazu: "Das Rudern tat wenig gegen die Überlegenheit des Windes an und so mussten wir in Malcesine anlegen. Es handelt sich um das erste veronesische Dorf auf der Ostküste am Gardasee...Ich will in bester Weise diesen Aufenthalt nutzen, besonders, um die Burg darzustellen, die nahe am See liegt und ein schöner Gegenstand für eine Zeichnung ist. Heute, als ich vorbeiging, habe ich eine Skizze gemacht." Den nächsten Tag eine neue Anmerkung: "Wie es mein Vorhaben war, bin ich früh am Morgen zu der alten Burg gegangen, die, so wie sie ohne Fenster, Pforte und ohne Wärter und Wachen ist, einem jeden zugänglich ist. Im Burghof habe ich mich gegenüber vom Turm gesetzt, der auf dem Felsen errichtet ist und seine Fundamente in dem Felsen hat; ich hatte mir ein ruhiges Plätzchen zum Zeichnen gefunden, er war nahe einer geschlossenen Pforte, drei oder vier Stufen über dem Boden..."
3 km südlich von Malcesine befindet sich der bezaubernde Ort Cassone mit seiner romantischen und malerischen Altstadt aus dem 15. Jh., aus der sich besonders der Turm und der Hafen hervorheben. In der Altstadt, direkt am Gardasee, entspringt und mündet der Fluss Aril, welcher mit seinen 175 m als der kürzeste Fluss der Welt gilt.