Il territorio, abitato via via da gruppi di pescatori, cacciatori e allevatori, è ricchissimo di testimonianze preistoriche. I più antichi reperti (metà circa del quinto millennio a. C.) sono quelli scoperti al Riparo Valtenesi. Una vasta necropoli, con oltre cento tombe, risalente al periodo compreso tra l'età augustea e la fine del IV sec. d. C., è stata portata alla luce ai piedi della Rocca, alla cui storia è legata quella del paese. Nel 776 vi si svolse l'ultima resistenza dei Longobardi, condotti da Cacone, nipote del re Desiderio, contro i Franchi.
La Rocca passò poi agli Scaligeri, ai Visconti, ai Veneziani sino a quando, nel 1787, diventata covo di banditi, fu rasa al suolo per ordine del provveditore veneto Mario Soranzo.
Come il resto della provincia bresciana, Manerba del Garda fu territorio del Lombardo-Veneto a partire dal 1815; con la fine della II guerra d'indipendenza (1859) fu quindi parte del regno di Sardegna e, dal 1861, del regno d'Italia.

Posta di fronte a punta Belvedere, l'isoletta ha un'estensione di circa un ettaro.
Si presenta piuttosto piatta e coperta di vegetazione.
Adibita per alcuni decenni a poligono di tiro, può essere raggiunta a piedi lungo una cresta di sassi, a volte sommersa a volte affiorante, che si spinge fino agli scogli detti "dell'altare", forse perchè un tempo vi veniva celebrata, una volta all'anno, la S. Messa, cui assistevano tutt'intorno i pescatori, riuniti sulle loro barche.
Durante la stagione estiva l'isola di San Biagio a Manerba e gli scogli sono frequentati da numerosi turisti che soggiornano negli hotels di questa meravigliosa riviera gardesana.

Particolarmente antica per il lago di Garda, risulta esistente già nel 1454. Ad un'unica navata con copertura lignea, presenta interessanti affreschi: sulle pareti, ex voto raffiguranti santi e Madonna goticheggianti; nell'arco trionfale l'Annunciazione; nell'abside, scene della Passione databili al sec. XVI.

Il nome "Manerba" deriverebbe, secondo alcuni, da "vicus Minervae", quindi con riferimento al culto di Minerva, dea greca della sapienza e dell'olivo. Secondo la leggenda, Minerva avrebbe trovato ospitalità in questa zona sul lago di Garda insieme agli altri dei, travestiti da animali per sfuggire al gigante Tifone; qui, al centro della cosiddetta "Valle degli Ateniesi" (da cui, appunto, Valtenesi), la dea si sarebbe dedicata all'insegnamento della coltivazione dell'olivo e di "molte delle sue arti".