Le antiche origini di Malcesine sono testimoniate dal ritrovamento di alcune tombe con oggetti di terracotta e con monete di bronzo del III e IV sec. d.C. Con la caduta dell'Impero, anche la sponda orientale del lago di garda subì l'alternarsi delle invasioni. Nel 568 calarono i Longobardi che si pensa siano stati i costruttori del Castello Scaligero, attorno a cui Malcesine si sviluppò. Dopo essere stata alle dipendenze del Vescovo di Verona, Malcesine divenne nel 1154 Comune autonomo con diritto di usare le proprie misure e di battere moneta. In seguito passò sotto gli Scaligeri e la Serenissima, divenendo sede del Capitano del lago. Il paese entrò quindi a far parte del Regno Lombardo-Veneto; nel 1866, con la terza Guerra di indipendenza fu annesso al Regno d'Italia.
Malcesine conobbe l'avvio del movimento turistico già prima della Grande Guerra, ma solo con la costruzione della Gardesana orientale e, successivamente, del lungolago il fenomeno divenne consistente, tanto da dare il via, alla fine degli anni '50, ad un vero e proprio boom economico.

J.W. Goethe giunse a Malcesine in barca da Torbole sul Garda il 13 settembre 1786. Così scrisse nel suo "Viaggio in Italia": "Il remare poco giovava contro il prepotere del vento e così dovemmo approdare a Malcesine. Si tratta del primo villaggio veneziano sulla costa orientale del lago di Garda ... Voglio sfruttare nel miglior modo possibile questa fermata, soprattutto per riprodurre il castello che giace vicino al lago ed è un bel soggetto per un disegno. Oggi, passandovi davanti, ne avevo fatto uno schizzo." L'indomani una nuova annotazione: "Come era mio proposito, di mattino per tempo me ne andai al vecchio castello che privo com'è di finestre, di porta e di custode e sentinelle è aperto a chiunque. Nel cortile del castello scaligero, mi sedetti di fronte alla torre costruita sulla rupe e con le fondamenta nella rupe; mi ero trovato un comodo posticino per disegnare vicino ad una porta chiusa, collocata tre o quattro scalini al di sopra del livello del suolo..." .

Cassone, a 3 km a sud da Malcesine è un suggestivo paese sul lago di garda che abbina a scorci romantici e pittoreschi esempi di edilizia quattrocentesca, fra i quali emergono la torre e il porto. Nel suo centro storico sorge e sfocia il fiume Aril (175 m), considerato il fiume più corto del mondo.