Le origini del nome Desenzano andrebbero secondo alcuni ricercate in fundus Decentianus. In epoca romana la città si stendeva probabilmente lungo il pendio compreso tra il castello ed il lago di Garda ed aveva il suo centro nel Borgo regio, l'area dove si trova il vasto complesso archeologico della Villa romana, sviluppatosi tra la fine dell'età repubblicana e il V sec. d.C.. La corte ed il feudo di Desenzano del Garda, dotato di una chiesa e di un fortilizio, passarono nell'878 ai monaci di S. Zenone di Verona. Nel 1031 l'imperatore Enrico II assegnò la contea a Bosone I. Nel 1170 Niceta portò in questi luoghi l'eresia catara: anche Desenzano del Garda ebbe un vescovo cataro, Giovanni il Bello; desenzanese fu il grande pensatore cataro Giovanni di Lugio. La repressione col rogo fu guidata nel 1276 dal vescovo di Verona. Con Venezia (1426) la città fu a capo della quadra di Campagna e assunse una grande importanza politica ed economica, specialmente grazie al mercato, dove confluivano le biade della pianura.
Durante la guerra di successione al trono di Spagna, agli inizi del Settecento, numerosi furono i saccheggi. Il 24 giugno 1859, nella frazione di S. Martino della Battaglia, si combattè una delle battaglie decisive della II guerra d'indipendenza.
Appoggiata all'ultima arcata di Palazzo Todeschini, verso ovest, reca incisa la data MDLV. Essa aveva un duplice scopo: piedistallo ai banditori municipali che dovevano "gridare" nella piazza, luogo di castigo per i falliti che, pubblicamente, dovevano battervi per tre volte le natiche nude. Secondo quanto scrive Tullio Ferro, scontata la penitenza, i malcapitati cercavano scampo correndo, con i pantaloni in mano, in via Annunciata, che la gente aveva nominato "via dei falliti".
A circa 5 km dal centro di Desenzano del Garda, ricorda la sanguinosa battaglia qui combattuta il 24 giugno 1859 tra gli eserciti franco-piemontese e austriaco. Comprende la cappella-ossario, dove sono raccolti oltre un migliaio di teschi e le ossa di 2619 caduti, il museo con documenti e cimeli dell'epoca risorgimentale e, in particolare, della seconda guerra d'indipendenza, e la torre. La torre di San Martino della Battaglia è alta m 64,60 e sormontata da una terrazza panoramica, è stata inaugurata nel 1893 e dedicata a Vittorio Emanuele II; può essere risalita lungo una rampa di circa 500 m, interrotta da due gallerie e sette sale affrescate di motivi risorgimentali.
Ogni prima domenica del mese, piazza Malvezzi in centro a Desenzano si vivacizza per la presenza di decine e decine di bancarelle che espongono splendidi oggetti d'antiquariato (quadri, argenti, orologi, gioielli, mobili, stampe, libri, cartoline, etc.). È un appuntamento per appassionati e curiosi che soggiornano sul Lago di Garda.